有一次在交大演講時聽眾問起「指導教授該做什麼」，因為時間太短，無法仔細說明。回來後，陸續接到讀者來信，訴說跟指導教授的糾紛，以及剝削的情事。我想是該對這議題深談了。
「指導教授該做什麼」？最糟的是國內外都只有默契而沒有明文規定，而每個老師的作法差異非常大。尤其是常聽到美國的指導教授把學生當作血汗工廠的員工加以剝削，使得許多留美回來的人不但如法泡製，甚至加倍惡劣，卻還自以為無愧於天地良心。不僅如此，這種教授還超容易拿到國科會傑出獎以及教育部講座教授，甚至反過來罵那些不這樣做的教授論文發表量太少，「自己應該要檢討」。於是，天黑了一大半，是非更加講不清楚。
不過，公道自在人心，我用自己在劍橋的經驗和帶學生的經驗綜合整理出一個條理，我相信明理的人就會知道拿捏的分寸在哪裡了。
最公允的作法應該是敢白紙黑字寫下來的部份，因此先談一些相關規定。當年申請英國大學時，很普遍有一個規矩：請你寫下你打算要做的研究主題，以便供學校判斷是否有適合的教授可以指導你。此外，每個學校都會列出歷年研究活動與成果，供申請者參考。所以，我相信第一個原則：指導教授必須有能力（並負起責任）在你的研究題目上「指導你」。更仔細地說，指導教授與學生之間的關係是一種接近「兩相情願」的關係：（1）沒有任何教授有義務擔任你的指導教授，（2）學生可以選擇老師，但是老師可以拒收，系裡可以規定老師收學生的人數上限，如果你想跟的教授無法收你，你必須接受學校指定的教授或者選擇不去報到。這個關係不夠對等，那是因為礙於現實：學校的老師不能輕易地換學校，但還沒入學的學生可以換學校，因此必須先滿足老師的意願，再考慮學生的意願。
英國採取申請制，有老師同意收你，妳才進得去，所以上述規定很容易執行；台灣因為採取考試制，學生先得到入學資格再報到，一旦沒有老師要收就糾紛一大堆。
其次，指導教授必須指導到什麼程度？總不能替你寫論文吧？從頭銜可以知道：指導教授在劍橋叫做 supervisor（監督），在美國叫 advisor（給建議的人）。所以指導教授的任務應該是介於「監督」與「給建議」之間。制度設計上，學生選修課程、提論文計畫書、提論文審查時，都需要指導教授簽同意書。這代表指導教授要負起監督與建言的責任，但並不需要為學生論文的成敗負責任──那是學生自己的事。
一般來說，指導教授的基本責任包括：（1）跟學生討論出一個研究的子題和方向，（2）建議相關文獻 （但是把它讀懂是學生的事，指導教授不是家教老師，頂多只需提醒重點）， （3）協助學生釐定研究範圍與焦點，（4）跟學生定期討論研究進度，對研究瓶頸提供突破的建議、策略或方向（ 指導教授的建議必須有合理的專業依據，不是天馬行空或酒後失言，但不負成敗責任；學生要盡快去發展看走不走得通，走不通得趕快回來跟老師討論），（5）指出學生研究過程的弱點、偏頗、疏失，提出改進的要求（或具體建議），（6）觀察學生的研究能力與態度，必要時向學校提出學生「能力不足」的報告，以便請學生提前離校，不需要進一步浪費時間（在劍橋這被認為是對學生的「善意」，而非整人），（7）在學生完成滿足畢業水準的研究後，指導學生撰寫學位論文（指出缺點要求改進，而不是替學生改錯字，當作文家教老師）。
研究是探索未知，沒有指導教授能保證他的建議都行得通（他在自己的研究題目上也是往往要試很多次才會成功）；而論文是學生的，畢不畢得了業自己要負責，不能賴給指導教授。一般而言，如果你的題目跟指導教授的研究密切相關，他的指導會較精準而進度會較順利；如果你堅持要作他不熟悉或沒在想的題目，自然他的建議精準度較差，但不能因此說指導教授不負責任（他的責任是「建議要有專業依據，而非「保證成功」）。
因此，許多理工學院的學生會選擇緊跟著指導教授的研究題目走，也就慢慢地變成指導教授的研究助手或研究夥伴；而有些研究上指導教授的建議確實是成功的關鍵，甚至是整個研究成果的首要貢獻者，因此按照論文發表的慣例：貢獻較大的排名在前，貢獻較小的排名在後，指導教授成為學生論文發表時的共同作者。
但是美國有些名校的教授利用上述不成文默契的許多模糊空間開始惡搞，逐漸發展成「小公司」：指導教授負責到處社交、拉計畫、出席學術會議去了解哪些論文題目比較熱門而容易發表；然後回來把公司計畫和構想出來的研究題目清單（只有模糊的標題，沒有具體的方向和範圍，沒有可行性分析，沒有具體的突破構想）交給一批 post-doctors，叫他們分發給博五、博四的學生，再叫博四博五的帶博三、博二的，一屆帶一屆，研究成果出來後給 post-doctors看，自己發表論文，發表時老師要掛名。很多人跟我說過，美國名校教授不乏一個人帶上百個博士生（劍橋有上限規定，不允許這種事情發生），學生進研究室時看到指導教授，畢業時再看到一次，中間都是博士班學長或 post-doctors 在帶。嚴格講，這種教授對研究成果沒有具體貢獻，論文發表時根本不該掛名，但這種人卻論文發表量最大。
在美國，指導教授拿到的計畫金額愈大，個人收入愈多，於是貪心的教授便開始用低於市場行情價去到處拉計畫，並且把學生的有限人力做「最有效的發揮」，血汗工廠就這樣子在美國開始推廣開來，並且像瘟疫一樣地隨著美國留學生歸國而帶回台灣，再由國科會和教育部嘉獎而變成「研究傑出」的「講座教授」、「特聘教授」。
剩下的故事我就不說了，反正台灣已經到處看得到了，問題只在於你看不看得透。