我貼出「台、清、交大羞於告人的『卓越」秘密』」一文後，有幾位記者打電話來採訪，希望挖出更多的「密辛」與獨家。我寧可利用這部落格自己進一步闡述前文未了的部分。
前文主旨在凸顯：學術界配合地方選舉，為擴張校地，漫無目的地接收地方政府的既有公地或徵收的土地，這是違背學術倫理的作為。據說已經有學校出面表示對我的個人意見不予以置評。我建議有心釐清真相的記者不要只是採訪兩造之詞，而是應該去全面性盤查這些土地的使用現況，作為讀者評斷誰是誰非的客觀依據。
一、國科會傑出研究獎的流弊
劉兆玄曾把「傑出研究獎」的設立當作他在國科會期間最主要的建樹，但這個制度卻「立意良善，流弊無窮」。傑出研究獎的審查過程不嚴謹，很多評審只有能力（或時間）評估候選人發表論文的篇數，而非其研究成果的實質價值，因而變相鼓勵有心人一稿多投。典型的例子之一：材料系的教授把同一套方法與實驗程序應用在五、六種性質相近的材料上，再把結果寫成題目跟主文乍看不相同的論文，同時投寄給不同的期刊。這樣，一種創意產出五、六篇論文，論文篇數累積速度之快真的叫嚴守學術倫理分際的學者浩嘆：「道高一尺，魔高一丈。」
快速累積論文數量的另一個辦法是浮濫收研究生：一個教授收的學生人數愈多，出論文的速度愈快。去算一算台大各系研究生人數和大學生人數比，就大概可以算出哪個系拿傑出研究獎的機率比較高。此外，跟熟絡的國內外學者互相在對方發表的論文上掛名，更是家常便飯。國內曾有一位中央研究院的院士因為所掛名的論文被指稱造假，而出面辯稱：那是學生未經他同意而掛名的。我不熟悉醫學學術圈的規矩。在我的行業裡，任何人發表論文時若掛我的名，我一定會收到期刊編輯室的通知，沒有不知情的可能。
還有，新興領域（譬如奈微米科技）發表論文較容易。這是因為新興領域的學術期刊量多，發表機會大；而且學術貢獻的評估準則尚未確立，最容易在亂局中僥倖得逞而通過各種期刊審查。此外，新興領域權威未立，學閥較少，因此新人出頭的機會也比較多。我曾經審過好幾個研究計畫和附送的論文，表面上期刊衝擊係數（imapct factor）高，其實論文品質其差無比。但是，對學術沒有自己方向也沒有熱忱的人，最容易隨時著時潮遷移，專門發表報屁股文章。只要篇數夠多，就有機會拿傑出研究獎。我的博士生曾經不屑地說：簡直像販賣身體的人，呼之即來，揮之即去。學者當到讓人看不起，我自己也無法坦然地做為其中一員。
最厲害的教授則建立起福特汽車式論文生產線：碩士生指導大學生做實驗，把結果一部份當作大學生推薦甄試的材料（甚至協助他們在國內發表論文），又同時把這些成果當作自己的碩士論文成果。碩士生上面有博士生，碩士生的論文題目跟博士生的題目嚴重重疊，然後博士生把這些研究成果拿去發表論文，所以博士研究輕鬆又論文產量大，容易畢業。這種生產制度下，大學生幫碩士生，碩士生幫博士生，大家都輕鬆，研究室學長學弟又感情良好，老師也不用叮著學生，甚至根本就只負責對外找錢給大家花（包括老師），整個家族和樂融融。錢多了之後，論文可以找校外的外籍人士改，指導教授甚至不需要改學生論文。
不願意這樣做的學者，嚴格盯緊學生的進度，從構思題目、查索論文到研究規劃、論文撰寫一一嚴格訓練，結果是討學生嫌。當身邊的同事愈來愈多人在討好學生或放水時，要當負責任的指導教授不僅愈來愈困難，還很容易被學生誤會成「毒舌」、「找麻煩」。我一個博士生跟家人告狀說「我好像是得罪他，不然為什麼一篇論文叫我改三次。」
國科會似乎有人深知傑出研究獎的流弊，一度擬取消傑出研究獎。我在系館公告欄上看到校長代表「本校同仁」反對取消傑出研究獎。我真的很想知道：清大到底有多少被學生和同仁私下認為敬業且學養值得肯定的教授會願意支持傑出研究獎？你可以說「反對傑出研究獎的人都是那些沒得過傑出研究獎的人」來暗指這些人酸葡萄，妳也可以猜猜看這些人中有多少人沒得獎是因為不屑。
二、傑出教學獎到底是什麼「碗糕」
清華有傑出教學獎的設立，由來已久。我的個人意見是：問卷設計粗糙，只能反映學生滿意度，無法反應教學品質。有興趣客觀研究這問題的人可以去拿清大的官方問卷來研究，試著想想我說的有沒有道理。我曾在上課時嚴厲糾正一個跟隔桌同學打鬧的學生，他憤而在我的問卷上全鉤「極不同意」，讓我的這門冷門的選修課平均分數掉了0.3分。我的課冷門，但卻常常旁聽的人數超過或接近選修人數，因為我打分數比別的課嚴（但遠比劍橋鬆到讓我汗顏，甚至遠比十年前鬆非常多）。
要讓學生滿意度高，當然還是需要認真教，但更重要的是：教材不能太難（最好上課時馬上可以吸收，回家不用想），要遷就學生的程度（一位拿傑出教學獎的同仁承認：他花了將近一個月幫學生溫習上學期另一門課教的內容），要親切而不要嚴厲。我每年都在向下調整教材難度，以致於我實在不願意再承認我在教的是全國最優秀的大學生。
以前我給學生寫的留學推薦信都有這麼一句：「This is one of
the most prestigious school in Taiwan。」但是，我已經好幾年拒絕給學生寫國外留學推薦信，因為我已經不願意再寫上我過用的這一句話。以前，我甚至經常寫：「He is as competent as most of my classmates in Cambridge University」我的教學目標很簡單：我希望在我班上前10名的學生我都敢寫上這一句評語。現在，我不敢懷這期待，也就使教學的目標和熱情都模糊掉了。
以前，我在機械系上課，教材可以讓別系的教授來詢問是否能讓他用，而且連續三年每年吸引十幾位電機系學生放棄系上的課來修我的課。一位畢業的校友聽到我要退休，說了一句：「系上以後沒有控制理論了」。其實，早就難以為繼了！從大一被慣壞的學生，已經很少有人有能力聽懂我一整個學期的課。我常問自己：我要不要跟整個風氣妥協？不妥協的話學生愈來愈少，要妥協的話總覺得對不起真正優秀的學生（不教有難度的教材，他們不會知道這一門學問的精髓與精彩處）。
學生要進來確實是不容易，但出去的時候程度愈來愈差。我一直痛苦地問自己：我到底可不可以繼續參與這向下沈淪的過程？
三、五年五百億和正教授的分級制度（講座教授、特聘教授，etc）
冰凍三尺非一日之寒，學術文化之淪喪是這些年逐漸累積出來的，但是五年五百億和正教授的分級制度卻使學術文化惡化得極其迅速。
只有傑出研究獎而沒有五年五百億和正教授分級制時，正教授大致上彼此知道誰在認真做研究，誰在認真教學，以及誰在不擇手段。而不擇手段的人也只敢走夜路，在各級會議上禁聲不語。那時候，誰有道理誰的主張就得逞。我曾在校務會議上數度力抗校長提議，而在投票時得到壓倒性的勝利。那時候清大有一笑談：「彭明輝每四年只得罪一個人：校長」。現在，大家忙著寫論文、搶錢，沒幾個人有閒去把是非理清楚。
尤有甚者，以不當手段被封為講座教授、特聘教授的人，開始公開表示五年五百億是他們爭取到的，有權利分到比較多的資源（尤其是要求收比較多的學生）。講話開始蠻橫起來，各級會議愈來愈說不清楚是非，許多會議根本就是利益（資源）爭奪戰，我常覺得是身陷於暴民之中：只有投票，而罕有屬於是非的討論。
我跟郭台銘開過一次會議，那次讓我印象深刻的是他提到：他所敬仰的一位日本企業界大老告訴他：教授是金頭腦，企業沒有跟教授合作不會成功。但是，五年五百億卻用SCI 和 SSCI 綁架了所有優秀的學者，不許他們研究真正台灣需要的技術。
我在「學術自由的本意與淪喪」「4-2、本土學術的空洞化與學術自由的淪喪」節裡闡述五年五百億如何與台灣的社會與產業發展脫節，以及該政策將如何導致本土學術的空洞化。也在「4-3、學術買辦與學術殖民的興起」敘述各種學術的詐術，不再於此重複。知識通訊評論也有許多的評論，我就不再贅言。http://k-review.com.tw/category/opinion/
沒有五年五百億和正教授分級制時，願意研究國內議題的人會去研究國內議題，喜歡跟海外對話的人去爭國際知名度，愛好虛名與不擇手段的人各依其性。這樣的學術圈效率未達極大化，也難免有小人，但有心人至少可以認真做自己願意獻身的研究。這樣的制度下其實弊端很少：要申請到國科會計畫和甲種獎助還是需要有一定的學術成果發表，而臺、成、清、交的學者個個心高氣傲，敢公然混日子的是極端少數。
有了五年五百億和正教授分級制，所有的人都被迫要走同樣的路，甚至跟不守學術倫理的人爭排名與業績，以免被他們羞辱。結果，真正有執有守的人受不了這股惡風而先退休。那些原本在混的人呢？反正要發表SCI的論文根本不難，只要厚著臉皮，總有辦法寫出報屁股文章。大不了跟著時潮去炒作就可以了。
要亡台灣，先瓦解她的產業競爭力；要瓦解台灣的產業競爭力，只要切斷她的學術跟台灣社會的關聯即可。未來的歷史學家或許會這麼寫：台灣的淪亡，從五年五百億開始。對於五年五百億我最想說的是：沒有任何一個國家，會笨到編列國家經費，來阻止大學教授研究跟該社會有關的問題。
令人難受的是：這樣荒唐的政策竟然獲得藍綠政府共同的支持。爭什麼統獨？藍綠不是一致地要瓦解台灣學術與產業，以便中南海有一天可以「解放水深火熱中的台灣同胞」嗎？